二附中重视学生的卫生和安全工作。学校食堂多年被评为学生卫生食堂，坚持严格执行有关食堂采购、食品留样、操作、储存等有关规定，确保学生食品的绝对完全。
       学校还设有卫生室，除了及时处理学生紧急救助意外，还对学生进行有关卫生安全方面的教育。
       学校还和周边消防部门合作，定期开展有关火灾、地震等灾害发生时的紧急避险、消防演练等等。
       在学生校车方面，学生定期对校车消毒。对驾驶员和乘坐学生进行安全教育，确保校车安全有序运行。
       针对近来频发的雾霾天气，学生严格执行有关规定，在雾霾天气进行室内活动，对学生进行有关雾霾天气有关的安全和健康教育。为缓解教室内雾霾影响，学校还斥巨资，为每个教室配备客气净化器。